Die Geschichte der Juden in Ostfriesland erstreckt sich über mehr als 400 Jahre, beginnend im 16. Jahrhundert. Wann genau die ersten Juden in die Region kamen, ist nicht mehr zu ermitteln.
Gesichert ist, dass sich um 1530 Juden in Emden niederließen. Es folgten Gemeinden in Norden (1577), Jemgum (1604), Leer (1611), Aurich (1636), Esens (1637), Wittmund (1637), Neustadtgödens (1639), Weener (1645), Bunde (1670) und Dornum (1717). Ab 1878 gab es eine Außenstelle der Synagogengemeinde Norden auf Norderney. Auch in den Nachbarregionen gründeten sich jüdische Gemeinden, so in Bourtange, Jever und Varel (17. Jahrhundert) sowie um 1870 in Wilhelmshaven.
Die rechtlichen Rahmenbedingungen für Juden wurden durch Schutzbriefe geregelt, die ihnen gegen Geld verschiedene Rechte und einen besonderen Rechtsstatus gewährten. Dies blieb bis Mitte des 18. Jahrhundert so. Die Machtübernahme durch Preußen im Jahre 1744 führte zu einer deutlichen Verschlechterung der Lage der Juden; denn die restriktive preußische Gesetzgebung gegenüber Juden galt nun auch in Ostfriesland.
Die Herrschaftswechsel zu Beginn des 19. Jahrhundert brachten sowohl Verbesserungen als auch neue Herausforderungen für die Juden mit sich. Nach der Annexion Ostfrieslands durch Preußen im Jahr 1866 wurden schließlich bis zum Ende des Ersten Weltkrieges alle rechtlichen Diskriminierungen beseitigt, und Juden erlangten Bürgerrechte, konnten politisch aktiv werden und in verschiedenen Bereichen des öffentlichen Lebens teilnehmen.
Trotzdem sahen sich die Juden weiterhin Diskriminierungen ausgesetzt. Von Borkum ausgehend breitete sich Ende des 19. Jahrhunderts er Bäder-Antisemitismus aus. Zahlreiche Touristenorte an der Küste und auf den Inseln warben damit, „judenfrei“ zu sein. Antisemitische Schilder und Diskriminierungen waren an der Tagesordnung. Demgegenüber boten einige Orte wie Norderney den Juden noch offene Räume, wofür speziell die Insel ebenfalls mit Spot bedacht wurden.
In den 1920er Jahren verstärkte sich der Antisemitismus, besonders während der Weltwirtschaftskrise. Mit der Machtergreifung der Nationalsozialisten 1933 begann der offizielle Boykott jüdischer Geschäfte und die Repressionen nahmen zu. Die Novemberpogrome 1938 markierten einen Höhepunkt der Verfolgung, bei der Synagogen zerstört und Juden in Konzentrationslager gebracht wurden. Mit der Vertreibung und Ermordung der jüdischen Bevölkerung endete die lange Geschichte der Juden in Ostfriesland. Fast 60 % der ostfriesischen Juden fielen der Shoah zum Opfer.
Nach dem Krieg kehrten bis 1947 13 Juden nach Emden zurück. Sie gründeten 1949 eine neue Synagogengemeinde als Verein. Dieser löste sich im Jahre 1984 auf, da er nur noch aus einem Mitglied bestand.
Die letzte Beerdigung auf dem jüdischen Friedhof in Emden fand im Jahre 2004, in Aurich im Jahre 2007, statt. Heute leben kaum noch Menschen jüdischen Glaubens in Ostfriesland, die Religion wird daher nicht öffentlich praktiziert. Die wenigen ostfriesischen Juden sind Teil der jüdischen Gemeinde in Oldenburg. In den ehemaligen ostfriesischen Synagogengemeinden bildeten sich Arbeitskreise, die das Geschehene aufarbeiteten und Überlebende einluden. Denkmäler wurden errichtet und die jüdischen Friedhöfe instand gesetzt. Zum 75. Jahrestag der Pogromnacht von 1938 in Deutschland formierte sich im Jahr 2013 ein Arbeitskreis, dem siebzehn Einrichtungen angehörten, darunter neun Museen sowie Einzelpersonen und Arbeitskreise aus fast alle ehemaligen Synagogengemeinden.